Fenerbahçe Profesyonel Futbol Takımı, Fenerbahçe Spor Kulübü'nün en önemli şubesidir. Kulüp gelirlerinin büyük bir kısmı bu şube için harcanır. Şube 1959'dan beri düzenlenen Süper Lig'de 18 kez şampiyonluk ipini göğüslemiştir. Ayrıca 4 kez Türkiye Kupası, 2 kez TFF Süper Kupa, 6 kez Cumhurbaşkanlığı Kupası ve 8 kez Başbakanlık Kupası'nda şampiyon olmuştur.

Avrupa kupalarındaki en büyük başarısına ise 2007-08 sezonunda Şampiyonlar Ligi'nde çeyrek finale kalarak ulaşmıştır. Futbol Para Ligi raporlarının yayınlanmaya başladığı 1996-97 yılından bu yana dünyanın en zengin 20 kulübünün arasına giren ilk Türk futbol kulübü de Fenerbahçe olmuştur. Fenerbahçe bu listede 111 milyon € ile 19. sıradadır.